Die Küste der Insel ist durch Mangrovensümpfe relativ unzugänglich, woraus auch die schwache Besiedlung resultiert. Selbst die Flüsse sind infolge der Aufschüttungen vom Meer her nicht zugänglich. Die Oberfläche ist wenig gegliedert. Weite Teile sind mit dichtem Urwald bewachsen. Es gibt eine lange Bergkette, die vom Nordende der Insel, dem Kap Sampanmangio, bis zu ihrer nordwestlichen Spitze, dem Kap Datu, erstreckt. Eine zentrale Massenerhebung mit mehreren Gebirgsgruppen, die von Niederungen umgeben ist, findet sich ebenfalls. Die höchste Erhebung ist jedoch im Nordosten der Insel zu finden: der Vulkan Kinabalu (4.101 m). Granit und Schiefergebirge findet man insbesondere im Westen Borneos.

Das Klima von Borneo ist ausgesprochen tropisch. Die Durchschnittstemperaturen schwanken zwischen 27,7° C im Mai und 26,7° C im Dezember. Die größere südliche Hälfte Borneos hat eine ausgeprägte Trocken- und Regenzeit. Der Norden hat zwei Trocken- und Regenzeiten.